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環(huan)狀(zhuang)RNA（CircRNA）

環狀RNA生成:

A. 經典的線(xian)性RNA剪切方(fang)式： 通過內含子(zi)中的GU/AG序列，將(jiang)前(qian)后外(wai)顯子(zi)首(shou)尾(wei)(wei)相連,成熟的RNA都具(ju)有5’短(duan)帽(mao)子(zi)結構(gou)和3’PolyA尾(wei)(wei)巴；

B. 環狀RNA的剪(jian)切(qie)方式： 通過特異性(xing)反向剪切，后面外(wai)顯子的(de)尾(wei)端與前(qian)面外(wai)顯子的(de)前(qian)端相連(lian)，沒(mei)有(you)5’短帽子結構(gou)和3’PolyA尾(wei)巴，由一個或(huo)者(zhe)多(duo)個外(wai)顯子構(gou)成, 有(you)些環狀(zhuang)RNA也(ye)包含內含子。

環(huan)狀RNA的特點:

1. 具(ju)有閉(bi)合環狀結構(gou)，半(ban)衰期較(jiao)線性RNA長(chang)；

2. 具有特異的反向剪接位點（backsplice）；

3. 具(ju)有組織表達特(te)異(yi)(yi)性、疾病(bing)特(te)異(yi)(yi)性等；

4. 大(da)多存在于(yu)胞(bao)質(CiRNA、EIciRNA)中(zhong)，少部分存在于(yu)胞(bao)核中(zhong)；

5. 大部分(fen)為非編碼RNA，且序列高(gao)度保守；

6. 整體表達豐(feng)度低(di)于(yu)mRNA；

環(huan)狀(zhuang)RNA的分類:

根據(ju)circRNA序列來源,可以把circRNA分為四(si)類:

第一種是全部來源于(yu)母基因外顯子的circRNA(Exonic circRNA,EciRNA)；

第二種是全部來源于內含(han)子的(de)套索型circRNA(Circular intronic RNA,ciRNA）；

第三種是來源于(yu)外(wai)顯(xian)子和內含子的circRNA(Exon-intron circRNA,EIciRNA)；

第四(si)種包括來(lai)源于反義(yi)鏈轉錄(lu)本的反義(yi)circRNA (Antisense circular RNA) 、來(lai)源于基因(yin)間序(xu)列(lie)或(huo)其他未注(zhu)釋(shi)基因(yin)組序(xu)列(lie)的circRNA (Intergenic circular ）。

絕大多(duo)數的(de)circRNA屬于(yu)外顯子(zi)類型的(de)circRNA，保守(shou)性較其他(ta)種類的(de)circRNA也更高。

環狀RNA主要生物學功能:

1.miRNA海(hai)綿(mian)功能(neng)

根據堿基(ji)的(de)互補配對法則,miRNA通過與靶基(ji)因(yin)中非(fei)翻(fan)譯區域結(jie)(jie)合(he)(he)(he)從而(er)(er)抑(yi)制或(huo)促(cu)進mRNA的(de)翻(fan)譯。RNA之間可(ke)以通過競爭(zheng)的(de)方(fang)式(shi)結(jie)(jie)合(he)(he)(he)共同的(de)miRNA來影(ying)響(xiang)miRNA對靶基(ji)因(yin)的(de)抑(yi)制作用,這一類RNA稱(cheng)為(wei)競爭(zheng)性內源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。研究表明(ming)，circRNA結(jie)(jie)構穩定且含(han)有(you)大量的(de)miRNA應答原(yuan)件，可(ke)以作為(wei)高效的(de)ceRNA，與miRNA結(jie)(jie)合(he)(he)(he)，發揮miRNA海綿功能，吸附miRNA，有(you)效地抑(yi)制miRNA與靶基(ji)因(yin)非(fei)翻(fan)譯區的(de)結(jie)(jie)合(he)(he)(he)，從而(er)(er)實現對靶基(ji)因(yin)的(de)調控作用。另(ling)外，有(you)些circRNA還可(ke)以與多(duo)個miRNA結(jie)(jie)合(he)(he)(he),影(ying)響(xiang)多(duo)種(zhong)基(ji)因(yin)的(de)調控。

2.作為翻譯模板

circRNA缺乏帽依賴性翻譯(yi)的(de)(de)必(bi)需元件，如5'帽和polyA尾，因此，一般情(qing)況下被認為不具(ju)備(bei)翻譯(yi)的(de)(de)功能(neng)。但(dan)是近年來隨著對(dui)circRNA的(de)(de)進一步的(de)(de)研(yan)究,發現有(you)(you)少數的(de)(de)circRNA含有(you)(you)內部核糖(tang)體(ti)進入位點序列（IRES）使其具(ju)備(bei)了(le)翻譯(yi)能(neng)力，比如circ-ZNF609,circMb1,circFBXW7,circPINTexon2和circ-SHPRH已被證(zheng)實可作為蛋(dan)白(bai)質模板。

3.調控基因表達

有些CircRNA可與轉(zhuan)錄因子結合(he)調(diao)控基因的轉(zhuan)錄。EciRNA可以與細胞(bao)內某(mou)些蛋白質分子特異(yi)性(xing)結合(he), 作(zuo)為(wei)腳(jiao)手架 (Scaffold) 與RNA或(huo)DNA結合(he), 為(wei)RNA結合(he)蛋白（RBP）、RNA、DNA之間互(hu)作(zuo)提供平(ping)臺。

CircRNA數據庫(ku):

① circBase（//www.circbase.org/）

circBase收集(ji)了近(jin)幾年研究發(fa)現(xian)的(de)上萬種環狀RNA，是(shi)一(yi)個通過收集(ji)和整(zheng)合已經(jing)發(fa)布的(de)circRNA數(shu)(shu)據構建的(de)數(shu)(shu)據庫。目前該數(shu)(shu)據庫收集(ji)包括以(yi)下(xia)7個物種的(de)circRNA信(xin)息(xi)(xi)：人(hg19)、小鼠(mm9) 、秀麗線蟲(chong)(ce6)、黑腹果(guo)蠅(ying)(dm3)、矛尾(wei)魚(latCha1)、腔棘魚(latCha1)、真渦蟲(chong)（S.mediterranea），通過在搜索界(jie)面中(zhong)的(de)list search提交circBase支持的(de)circRNA ID號或基因(yin)組區域位置信(xin)息(xi)(xi)，可以(yi)快速(su)查詢相(xiang)關circRNA信(xin)息(xi)(xi)；研究者(zhe)也可以(yi)通過table browser進行(xing)條件設置，篩選自己所需要的(de)circRNA數(shu)(shu)據。

② circRNABase數(shu)據庫

（//starbase.sysu.edu.cn/starbase2/mirCircRNA.php）

該數(shu)據(ju)庫通過整合已發表的circRNA數(shu)據(ju)，構建miRNA與(yu)circRNA以及circRNA與(yu)RNA結(jie)合蛋白（RBP)的互作網絡(luo)。

維真CircRNA服(fu)務項目:

① CircRNA載體構(gou)建與(yu)病毒包裝(zhuang)

維真生物將環化框裝(zhuang)入載體中，構建(jian)成功(gong)了大量circRNA表達(da)載體，并(bing)建(jian)立了腺病毒、慢病毒和AAV全套circRNA過表達(da)和干擾載體的(de)系統。

部分載體列表：
更(geng)多環化載體咨(zi)詢，請撥(bo)打(da)400-077-2566，或當地銷售經理(li)。

② CircRNA表達量與(yu)成環性檢(jian)測(ce)

維真(zhen)生物可提供(gong)專業的(de)(de)circRNA表達量與成環性檢測服務。我(wo)們能(neng)針(zhen)對(dui)CircRNA上的(de)(de)不同(tong)區域設計特異性的(de)(de)RT-PCR驗(yan)證引(yin)物，從而(er)檢測circRNA的(de)(de)表達水平，并能(neng)準確的(de)(de)計算(suan)成環效率。